مرحوم آیت‌الله موسوی اردبیلی اگرچه در سیرتِ حوزوی و دانشگاهی‌اش، تجربه و کارنامه‌ای مکرّم و مغتنم داشت اما در سیره‌ی سیاسی‌اش مجموعه‌ای از ابهام‌ها و اتهام‌ها را بی‌پاسخ گذاشت و درگذشت. او با سخنانی در دهم خردادماه سال نود و یک از «کارهای کرده و ناکرده‌»ی خود ابراز نگرانی کرد و رفتار خود و دیگران را مسبّب رسیدن به «وضع موجود» دانست و بابت آنها از مردم عذرخواهی کرد: «من از کارهای کرده و نکرده‌ی خودم نگرانم. اگر همه ما درست عمل کرده بودیم وضع این نبود»؛
این یادداشت اشارتی است به کارهای «ناکرده‌»ی آن مرحوم؛ ایشان نه تنها به مبنای خود درباره‌ی «ضرورتِ اجتهادِ تجربه‌شده‌ی رهبری» پای‌بند نماند بلکه حتی در سخت‌ترین روزهای آیت‌الله منتظری در نقد مرجعیت آقای خامنه‌ای نیز از آنچه می‌دانست و بدان معتقد بود هیچ نگفت؛ او را تنها گذاشت و سکوت کرد. این در حالی‌ست که مرحوم موسوی اردبیلی در جلسات مذاکرات متمّم قانون اساسى وقتی قرار شد شرط مرجعیت را از رهبری حذف کنند گفت که باید مشخص شود قرار است در حذف این شرط تا کجا کوتاه بیاییم و تنزل کنیم؟ حتی تا اینجا که «اگر همین امروز وقت به او بدهند این برود بنشیند استنباط [کند] می‌خواهیم تا اینجا تنزل کنیم؟… از این هم تنزل کنیم، استعدادش را دارد اما این استعداد یک مقدار زیادی کار کردن میخواهد، طلبه‌ی فاضلی است. اما طلبه‌ای است که انصافاً اگر یک مقدار زحمت بکشد… اگر بگوئیم قدرت استنباط دارد، همین که می‌گویند قدرت استنباطش را دارد اما اصلا استنباط نکرده، رویش کار نکرده، چه نکرده ولی هر کس نگاه می‌کند می‌گوید بله، اگر ایشان در آن رشته بودند، کار بکنند یک چیزی می‌شوند؛ تا اینجا می‌خواهیم بیائیم یا از این هم میخواهیم پائین‌تر بیائیم؟… نگرانی من فقط این است.»(جلسه‌ی پنجم از مذاکرات متمّم قانون اساسى سه‌شنبه دوازدهم اردیبهشت‌ماه شصت‌وهشت)
تنها یک‌ماه بعد از این سخنان، با درگذشت آیت‌الله خمینی کسی به رهبری انتخاب شد که حتی یک اثر فقهی نداشت و در هیچ مقاله‌ای استنباط فقهی‌اش را در معرض داوری قرار نداده بود و دقیقا همان اتفاق افتاد که مرحوم موسوی اردبیلی در آن جلسه نسبت به آن هشدار داده بود: «وقت به او بدهند این برود بنشیند استنباط کند؛ می‌خواهیم تا اینجا تنزل کنیم؟» با این‌همه اما رهبر جدید نه تنها به عنوان فقیه معرفی شد بلکه دیری نگذشت که به مقام مرجعیت نیز ارتقاء داده شد؛ روندی که آیت‌الله منتظری به شدت نسبت به آن اعتراض کرد:
«حالا صرف نظر از مساله‌ی رهبری، مرجعیت را چرا دیگر؟ شما که در شان و حد مرجعیت نیستید. من قبلا به ایشان تذکر دادم، در شرُف فوت مرحوم آیت‌الله اراکی بود، من به وسیله‌ی آیت‌الله مومن راجع به چند چیز برای ایشان (آقای خامنه‌ای) پیام دادم . این صورت متن پیام است؛ به دست ایشان هم رسیده است… به ایشان پیام دادم: نگذارید قداست و معنویت حوزه‌ها با کارهای دیپلماسی ارگان‌ها مخلوط شود. تیپ فلان (تیپ ۸۳ رزمی تبلیغی امام صادق سپاه) چه حقی دارد بیاید در قم یک عده بچه راه بیندازد و حوزه را به هم بزند؟ به مصلحت اسلام و حوزه‌ها و جنابعالی است که دفتر شما رسما اعلام کند: چون ایشان کارشان زیاد است و وظیفه‌ی اداره‌ی کشور را به دوش دارند از جواب دادن مسائل شرعی معذورند و از حال به بعد جواب مسائل شرعی داده نمی‌شود و رسما مراجعات علمی و دینی و حتی وجوه شرعیه جزئیه را کمافی السابق به حوزه‌ها ارجاع دهید… خود آیت‌الله مومن به من گفت یکی از این آقایان که می‎رود در دفتر ایشان در قم می‎نشیند و مسائل را مطابق نظر آقای خامنه‌ای جواب می‎دهد به ایشان گفتم که ایشان که رساله ندارد، شما چگونه فتاوا را بر طبق نظر ایشان جواب می‎دهید؟ گفت ما روی تحریرالوسیله‌ی امام جواب می‎دهیم!… خُب این معنایش مبتذل کردن مرجعیت شیعه نیست؟ اینکه آمدند در شب بعد از فوت آیت‌الله اراکی، عده‌ای بچه راه انداختند در خیابان جلوی جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‎اندازند… به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزء [آنها] کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. بنابر این مرجعیت شیعه را مبتذل کردند». (سخنرانی بیست‌وسوم آبان‌ماه هفتادوشش)
پس از این اعتراض، مرحوم موسوی اردبیلی که خانه‌اش تنها یک خیابان با خانه‌ی مرحوم منتظری فاصله داشت دید که چگونه با چراغ سبز رهبری، به خانه‌ی او حمله کردند و هر چه بود ویران کردند و حتی به آرشیو صوتی و تصویری درس‌های او هم رحم نکردند و از همان روز حصر پنج‌ساله‌ی ایشان آغاز شد اما حتی کلمه‌ای در این‌باره نگفت در حالی که همین روش را در سایر مسائل هم تجربه کرده و ثمره‌ی آن را دیده بود. در نمونه‌ای دیگر مرحوم آیت‌الله منتظری (در فایل صوتی منتشر شده) می‌گوید که آقای موسوی اردبیلی با اعدام‌های دهه‌ی شصت نیز مخالف بود و در خیلی زمینه‌ها فردی لیبرال بود اما در عمل رفتار دیگری داشت… نمونه‌هایی از این دست در خاطرات نزدیکان‌شان نیز گفته شد.
می‌توان گفت که آن مرحوم اگر صاحب مبنایی در نظر بود اما در عمل به هر علتی (مصلحت یا ترس) بنایی که می‌ساخت هیچ ربطی به آن مبنا نداشت. این فاصله‌ی مبنا و بنا دستِ کم در سهم کسی که از چهره‌های برجسته‌ی انقلاب و از مسئولان حلقه‌ی اول آن بود کار را به جایی رساند که وقتی می‌خواست برای حل بحران سال هشتاد و هشت قدمی بردارد نیز دیگر دیر شده بود و راه به جایی نبرد. سخن این نیست که با حفظ شرط فقاهتِ تجربه شده در رهبری، دیوار نظام به این کژی و ناراستی که امروز هست نمی‌رسید؛ بلکه مسئله اینجاست که کسی اگر حداقل به مبنای خود فادار نباشد چه توقعی از دیگران می‌تواند داشته باشد.
او راست می‌گفت که «از کارهای کرده و نکرده خود» نگران است و «اگر همه ما درست عمل کرده بودیم وضع این نبود»؛ اما سهم برخی در بنا نهادن خشت‌های کج چنان است که وقتی «تا ثریا می‌رود دیوار کج» دیگر برای هر کاری دیر است جز «عذرخواهی».در ا
ینجا این پرسش پیش می آید که چه تفاوتی میان محسن کدیور و روح اله خمینی که پس از گذشت دهه ها ، حسد فضل اله نوری را از خاک بیرون آورد و اورا بعرش کشاند ، می توان یافت ؟ آیا اگر به فرض محال محسن کدیور روزی به قدرت برسد، با برداشتی که از موسوی اردبیلی ارائه می دهد ، همان کار آقای خمینی را در حق موسوی اردبیلی انجام نخواهد داد ؟ آیا زمانیکه گفته میشود که  نباید فریب هر « روشنفکر دینی » را خورد ، سخن گزافی است؟